• Kakashi Hatake - Posiada w swoim lewym oku Sharingana. Otrzymał go jako "prezent" po swoim przyjacielu Obito z klanu Uchiha. Miało to miejsce podczas ratowania Rin. W czasie walki Kakashi został zraniony w lewe oko (stając się na nie ślepy), mógł skończyć znacznie gorzej, gdyby Obito nie odepchnął go spod spadających skał sam przy tym ginąc. W ostatnich chwilach życia Obito zdecydował się oddać swego Sharingana Kakashiemu jako prezent za zdanie przez tego drugiego egzaminu na jōnina. Przeszczepu oka dokonała Rin. Sharingan Kakashiego jest w pełni dojrzały, dzięki czemu może nim kopiować inne techniki, ponieważ jednak nie pochodzi on z klanu Uchiha, nie potrafi go "wyłączać". Jedynym sposobem na jego ukrycie jest zakrycie go np. opaską, dzięki czemu Kakashi nie będzie tracił przez cały czas chakry. Po dwuipółrocznej przerwie Sharingan Kakashiego ewoluuje w Mangekyō Sharingan, który z kolei różni się wyglądem oraz właściwościami od Mangekyō Sharingana Itachiego

• Yamato - Właściwie nazywa się Tenzou i posiada zaawansowaną linie krwi Pierwszego Hokage - Mokuton. Jako małe dziecko został wraz z 60 innymi ninja, porwany przez Orochimaru i służył mu jako królik doświadczalny do jego eksperymentów z zaawansowaną linią krwi. Orochimaru wszczepił mu DNA Shodaime, aby ten mógł posiąść zdolności wynikające z linii krwi Mokuton. Kiedy Trzeci Hokage dowiedział się o eksperymentach swego ucznia, Orochimaru musiał uciekać z Konohy porzucając swoje eksperymenty. Niedługo potem prawie wszystkie jego ofiary umarły z powodu jego badań, jedynym który przeżył był właśnie Yamato/Tenzou. Okazało się że w jego przypadku badania Orochimaru zakończyły się sukcesem i posiadł umiejętności Pierwszego Hokage. Nie jest wiadome w jakim stopniu Yamato może kontrolować Mokutona, gdyż nie pokazał jeszcze pełnego wachlarza swoich umiejętności. Sam jednak twierdzi, że daleko mu do oryginału.

Potencjalne Kekkei Genkai 

W świecie Naruto pojawiło się również kilka charakterów, które wykazywały umiejętności skrajnie różne od tych co posiadali zwykli ninja. Nie zostało jednak potwierdzone czy owe zdolności są uwarunkowane genetycznie.

Satetsu 

Umiejętność posiadana przez Trzeciego Kazekage Wioski Piasku. Dzięki temu, że jego ciało działa niczym pole magnetyczne, potrafił manipulować miliardami drobinek żelaza. Mógł także z nich formować kształty o dowolnej wielkości, które potem używał do walki i sterować nimi na odległość. Minusem tej techniki był fakt, że konieczna do jej działania była obecność w pobliżu "ziarenek żelaza". Mimo to owa umiejętność została uznana za najsilniejszą i najgroźniejszą w całej wiosce Piasku

Kibaku Nendo 

Zdolność którą posiadał były członek Akatsuki Deidara, z Iwa-Gakure. Posiadał on na dłoniach dwa otwory gębowe, które mieszały glinę z jego chakrą (potem okazało się, że ma jeszcze jedno na klatce piersiowej). Dzięki temu Deidara potrafił tchnąć życie w glinę, formując ją na kształt różnych zwierząt, które potem używał do walki. Potrafił zwiększać ich rozmiary, w zależności od tego ile chakry im przeznaczy, czasem jego dzieła są tak duże, że używa ich jako środka transportu. W dowolnym momencie mógł je zdetonować, a siła ich eksplozji jest uzależniona od ich wielkości albo ilości. Słabością tej umiejętności jest fakt, że do jej stosowania konieczna jest glina.

Plant traits 

Zdolność posiadana przez członka Akatsuki Zetsu, z Wioski Trawy. Posiada na sobie coś na kształt muchołówki, a jego ciało jest dwukolorowe i każda z połów ma własną osobowość. Jego umiejętność polega na szybkim adaptowaniu się do otoczenia, tak że jest niewidoczny dla innych. Może też widzieć przez przedmioty i przypuszczalnie w miarę szybko, przenosić się na dalsze odległości.

Ant-Lion Transformation 

Umiejętność posiadana przez członka klanu Fuuma - Kagerou. Polega ona na przemianie swego ciała w inne w celu wykonania niszczycielskiego ataku. Kagerou najpierw otacza swe ciało czymś w rodzaju larwy, aby po kilku momentach wyjść z niego w postaci dziewczynki ze skrzydełkami. W tej postaci jest w stanie wykorzystać całą swoją chakrę do jednego silnego uderzenia, które kończy się śmiercią atakującego. Ta umiejętność pojawia się tylko w "fillerach" anime.